با آشكار شدن علائم خونريزي در دستگاه گوارش امام خميني(ره) در بيست و هشتم ارديبهشت 1368، بيماري ايشان كه به تازگي عود كرده بود، حادتر شد. در اين زمان فعاليت‏هاي شبانه‏روزي تيم پزشكي ويژه آغاز گرديد و معظم له در 31 ارديبهشت، جهت انجام عمل جراحي، به بيمارستان انتقال يافتند. پس از انجام عمل جراحي بر روي دستگاه گوارش ايشان مجالس نيايش در مساجد سراسر كشور براي شفاي ايشان برگزار شد و مردم براي سلامتي ايشان، دعا كردند. در نهايت، در حالي كه پزشكان، تمام تلاش خود را براي بهبود وضعيت جسماني حضرت امام به كار بسته بودند، روح بلند و ملكوتي ايشان در شامگاه 13 خرداد 68 به ملكوت اعلي پيوست و عاشقانش را به سوگ نشاند.